Drie natuurorganisaties hadden Gedeputeerde Staten van Limburg (GS) gevraagd om in het verleden verleende natuurvergunningen voor een varkenshouderij en voor een geitenhouderij in te trekken. Deze agrarische bedrijven liggen in de buurt van Natura 2000-gebieden en de natuurvergunningen zijn destijds verleend op basis van de Programmatische Aanpak Stikstof (PAS). De Raad van State heeft bepaald dat de PAS niet meer gebruikt mag worden als basis voor het verlenen van natuurvergunningen. Daarom vonden de natuurorganisaties dat de eerder verleende vergunningen moesten worden ingetrokken.
Belangenafweging
GS hadden die verzoeken om intrekking afgewezen en daartegen waren de natuurorganisaties in beroep gegaan. De rechtbank gaf GS gelijk. De rechtbank wees er daarbij op dat zij alleen in de individuele zaken een uitspraak kan doen en dus niets kan vinden over de algemene vraag of de provincie wel genoeg doet om alle Natura 2000 gebieden in en buiten de provincie tegen stikstof te beschermen. In de individuele zaken komt het vooral aan op een belangenafweging: aan de ene kant het belang van het agrarische bedrijf bij het behouden van de verleende vergunning en aan de andere kant het natuurbelang. Alleen als het intrekken van de vergunning echt nodig is omdat anders het natuurgebied sterk verslechtert, moet het agrarische bedrijf het onderspit delven.
De maatregelen
GS hadden uiteindelijk voldoende gemotiveerd dat het niet nodig is om deze vergunningen in te trekken. Er zijn namelijk voor de betreffende Natura 2000-gebieden al diverse concrete en effectieve maatregelen genomen, met een concreet tijdpad. Dit gaat bijvoorbeeld over verschillende regelingen voor het opkopen en stoppen van veehouderijen, waar gebruik van is gemaakt. Ook is duidelijk gemaakt in hoeverre deze maatregelen de stikstofuitstoot verminderen. GS hebben dit vergeleken met de recent berekende, relatief kleine stikstofuitstoot van de twee agrarische bedrijven en aangetoond dat de uitstoot door de genomen maatregelen al afneemt. Dat betekent dat intrekken van de vergunningen niet nodig is.